Description in English:
Project No.: 13.1.1-LMT-K-718-05-0021
Project duration: 4th of November 2021 – 1st of September 2023
Departments conducting the research: Vilnius University, Life Sciences Center, Institute of Biotechnology
Supervisor of the research: senior scientist Dr. Darius Kazlauskas
Project partner: Caszyme, LLC
Project aim – to expand the diversity of CRISPR Molecular Tools and to adapt them for rapid detection and monitoring of SARS-CoV-2 variants. This result will be important for the smart specialization field “Molecular technologies for medicine and biopharmaceuticals”, as the research can help to contain current and future viral outbreaks or pandemics. Rapid and affordable way to identify single nucleotide polymorphisms is also important for precision medicine, where drugs are administered based on unique variants in the human genome. C2EP-based detection can also be used in other areas, such as forensics, where sequencing methods are currently used.
Expected outcome of the project. Two main outcomes of the project which will be further exploited after the completion, are foreseen. Firstly, valuable knowledge will be gained about the diversity of C2EPs and how they recognize nucleic acids. On this basis, the project team will prepare an article and submit it to the editorial board of a high citation index (Q1) journal. Secondly, a prototype of SARS-CoV-2 VOC detection system will be developed. Upon completion of the project, the project team plans to file a patent application for a new C2EP that can detect single nucleotide mutations.
Results. A prototype of SARS-CoV-2 VOC detection system has been developed and an article (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.03.27.534365v2) has been submitted to Q1 scientific journal.
This project has received funding from European Regional Development Fund (No 13.1.1-LMT-K-718 “Targeted Research for Smart Specialization”) under grant agreement with the Research Council of Lithuania (LMTLT). Funded as European Union’s measure in response to Covid-19 pandemic.
Description in Lithuanian:
Projekto numeris: 13.1.1-LMT-K-718-05-0021
Projekto pabaiga: 2023 m. rugsėjo 1 d.
Padaliniai, vykdantys projektą: Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biotechnologijos institutas.
Projekto mokslinio tyrimo vadovas: vyresnysis mokslo darbuotojas Dr. Darius Kazlauskas
Projekto partneris: UAB „Caszyme“
Projekto tikslas – išplėsti CRISPR molekulinių įrankių įvairovę ir pritaikyti juos greitai SARS-CoV-2 variantų detekcijai bei plitimo stebėjimui. Šis rezultatas bus svarbus sumaniosios specializacijos srityje „Molekulinės technologijos medicinai ir biofarmacijai“, nes mūsų tyrimai gali padėti suvaldyti dabartinius ir būsimus virusų protrūkius ar pandemijas. Greitas ir prieinamas būdas nustatyti vieno nukleotido polimorfizmus taip pat yra svarbus tiksliajai medicinai, kai vaistai skiriami pagal unikalius žmogaus genomo variantus. C2EP grįsta detekcija gali būti naudojama ir kitose srityse, kur šiuo metu naudojami sekoskaitos metodai, pavyzdžiui, teismo ekspertizėje.
Siekiamas rezultatas. Numatomi du pagrindiniai šio projekto rezultatai, kurie bus toliau naudojami jį baigus. Pirma, bus sukaupta vertingų žinių apie C2EP įvairovę ir tai, kaip jie atpažįsta nukleorūgštis. Remdamasi tuo, projekto komanda parengs straipsnį ir pateiks jį aukštą citavimo indeksą turinčio (Q1) žurnalo redakcijai.
Antra, bus sukurtas SARS-CoV-2 VOC detekcijos sistemos prototipas. Užbaigus projektą, projekto komanda planuoja pateikti patento paraišką naujam C2EP, kurį naudojant būtų galima nustatyti vieno nukleotido mutaciją.
Pasiekti rezultatai. Sukurtas SARS-CoV-2 VOC detekcijos sistemos prototipas bei parengtas straipsnis (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.03.27.534365v2), kuris pateiktas Q1 žurnalo redakcijai.
Projektas bendrai finansuojamas Europos regioninės plėtros fondo lėšomis (Nr. 13.1.1-LMT-K-718 „Tiksliniai moksliniai tyrimai sumanios specializacijos srityje“) pagal dotacijos sutartį su Lietuvos mokslo taryba (LMTLT). Finansuojama kaip Europos Sąjungos atsako į COVID-19 pandemiją priemonė.